A bal oldali fájl böngésző listán kiválasztott Python programot (és nem azt, aminek a forrása aktuálisan megjelenik a szerkesztőfelületen!) elindíthatjuk a Run / Run... menüponttal.

• A megjelenő felugró ablakban a fájl nevét kell kiválasztani.
• Ha szeretnénk pl. parancssori paramétereket is átadni a programunknak, akkor az Edit Configurations... elemet válasszuk ki, és a megjelenő dialógusalakban definiáljuk a futtatási konfiguráció paramétereit. Ezzel itt most nem foglalkozunk.

• A program futása közben az alsó részen megjelenik a konzol, ahol a programunk üzeneteit olvashatjuk. A jobb felső részen pedig lehetőségünk van a program futásának leállítására (piros négyzet).

• A legutóbb futtatott konfiguráció elérhető a jobb felső részen, és a futtatás gombbal (zöld nyíl) közvetlenül újra indítható.
• A lenyíló listában választhatunk a korábbi konfigurációk közül.
• Nyomkövetés indítására is van lehetőség a bogár gombra kattintva. Ehhez töréspontokat helyezhetünk el a kód soraiban.

Talán a leggyorsabban billentyűzetről futtathatjuk a programjainkat.

• Shift + F10 futtatja a szerkesztőablakban éppen szerkesztés alatt álló programot.
• Ctrl + Shift + F10 azt a programot futtatja, amelyik éppen ki van aktívan jelölve. Ha a szerkesztőablakban vagyuk, akkor azt, ha a projekt nézetben egy Python fájl nevén, akkor azt.

Programjaink nyomkövetésére is komplex lehetőségeket ad a PyCharm.

A legegyszerűbb lehetőség a print() függvény használatával információt kiírni a konzolra a programunkból.

Nyomkövetési töréspontot az adott programsor sorszáma melletti szürke területre kattintva helyezhetünk el és távolíthatunk el. A Run / Debug segítségével indíthatunk nyomkövetést. A program futása a töréspontokban megáll, és visszakapjuk a szerkesztőfelületet, ahol többek között megvizsgálhatjuk a változók, objektumok aktuális értékét.

A program további futását a Run / Debugging Actions menüpont szokásos elemeivel (Step Over, Step Into, Resume Program, ...) vezérelhetjük.